Intergender als Begriff tauchte erstmals um 1998 auf, als er im Usenet als alt.support.intergendered newgroup auftauchte. Die Gruppe wurde von Donna Lynn Matthews gegründet, die nicht intersexuell ist, aber als „intergendered“ bezeichnet wird.

Die Satzung der Newsgroup erklärte ihre Definition von Intergender: „Intergender-Individuen geschlechtsspezifisch nicht als ‚Männer‘ oder ‚Frauen‘, sondern irgendwo dazwischen, als eine Mischung aus männlichen und weiblichen Qualitäten. Andere geschlechtsspezifisch weder als ‚Männer‘ noch als ‚Frauen‘ ‘ (gealtert oder nicht geschlechtsspezifisch), wodurch sie sich vollständig ‘außerhalb’ des geschlechtsspezifischen ‘Spektrums’ positionieren.

Vor diesem Hintergrund neigen intergeschlechtliche Personen dazu, sich (in unterschiedlichem [sic] Grad) auf nicht beschreibende oder mehrdeutige Weise zu präsentieren Androgynie, partielles Crossderssing, [sic] Genderbending und Teilzeit-Cross-Gender-Leben, um nur einige zu nennen. Intergendered sollte nicht mit Intersexed verwechselt werden, da die beiden ziemlich unterschiedlich sind.”

Im Jahr 2014 veröffentlichte eine intersexuelle und intergeschlechtliche Person namens Aeshling einen Tumblr-Post, um „intergender“ separat als Begriff nur für intersexuelle Menschen vorzuschlagen. In einigen Fällen wird es auch als ein Begriff definiert, der speziell von nicht-binären intersexuellen Menschen verwendet wird.