Der Name „Jona“ – Kirche erinnert an den gleichermaßen jugendlichen wie modernen alttestamentlichen Propheten, Jona, der „Gott los“ werden wollte. Er machte sich auf den Weg nach Spanien (Tarsis, gegenüber von Mallorca), doch er findet sich überraschend in der „Gottesferne“ der Groß- und Weltstadt Ninive wieder. Diese Geschichte macht deutlich, was unsere Kirche für Menschen von heute sein bzw. immer wieder werden will: ein Ort, an dem man/frau Gott (neu) auf die Spur kommen kann, ihn suchen und finden kann.
Die Jonakirche wird häufig für Gottesdienste mit besonderer Form bzw. mit modernen Gestaltungselementen genutzt.